Prof. Dr. Foljanty-Jost studierte Japanologie, Soziologie und Politische Wissenschaft an den Universitäten Bonn, Tokio und Berlin (FU) und spezialisierte sich mit dieser Fächerkombination in Forschung und Lehre auf Fragen der gegenwärtigen japanischen Politik und Gesellschaft. Ihr aktueller Forschungsschwerpunkt liegt im Bereich „Zivilgesellschaft und Formen politischer Beteiligung in Japan“. Seit 1992 ist sie Professorin für Japanologie an der MLU und hat dort erstmals an einer Universität in den neuen Bundesländern nach 1989 das Fach neu gegründet. Seit 2010 ist sie auch Prorektorin für Forschung, wissenschaftlichen Nachwuchs und Internationales an der MLU.

Im Rahmen des Aufbaus der Lehre und Forschung im Bereich der Japanologie an der Universität Halle hat Gesine Foljanty-Jost Partnerschaften mit sechs japanischen Spitzenuniversitäten initiiert, für die Studierenden macht sie diese Partnerschaften mit Unterstützung des Deutschen Akademischen Austauschdienstes (DAAD) und des japanischen Bildungsministeriums durch die Organisation regelmäßiger Studierendenaustausche und durch deutsch-japanische Sommerschulen nutzbar.

Darüber hinaus führte sie Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftler aus beiden Ländern an gemeinsame Themen heran, wie anlässlich des Auftaktkongresses zum „Deutschlandjahr in Japan“, den sie 2005 mit Unterstützung der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) und des DAAD 2005 zum Thema „Ökologie und Nachhaltige Entwicklung“ in Tokio organisierte. Mehrere Sommerschulen zum Thema Vergangenheitsbewältigung und Erinnerungspolitik mit Historikern an den Universitäten Halle und Tokio (Tôdai) mündeten 2007 in die Einrichtung des ersten deutsch-japanischen Graduiertenkollegs in den Geisteswissenschaften, das von der Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) und der DFG bis 2016 gefördert wird und unter dem Rahmenthema „Formwandel der Bürgergesellschaft - Japan und Deutschland im Vergleich“ jährlich jeweils zehn Doktoranden und Doktorandinnen an beiden Universitäten qualifiziert.

Im Bereich der Forschung führten Gastprofessuren an den Partneruniversitäten zu langjährigen Forschungskooperationen, so mit Prof. Shunsuke Murakami (Senshu Universität) zum Thema „Sozialkapital in Ostasien“, mit Prof. Yutaka Tsujinaka (Tsukuba Universität) zum Thema „Civil Society, the State and Culture in Comparative Perspective“ und mit Prof. Minoru Tsubogo (Waseda Universität) zum Thema „lokale Zivilgesellschaft“.

Wissenschaftspolitisch setzt sich Gesine Foljanty-Jost seit mehr als 30 Jahren für die deutsche Japan-Forschung und die Vernetzung japanischer und deutscher Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler unterschiedlicher Disziplinen ein. 1988 gehörte sie zu der Gruppe von Hochschullehrern, die die Vereinigung für sozialwissenschaftliche Japanforschung (VSJF) gründete, die als interdisziplinäres Forum bis heute Sozialwissenschaftler und Japanwissenschaftler zusammenführt. Dem Vorstand der deutschen Gesellschaft für Asienkunde e. V., gehörte sie ebenso wie dem Vorstand der Gesellschaft für Japan-Forschung an. 2009 richtete sie den Japanologentag in Halle aus, die bedeutendste Fachkonferenz der Japanforschung im deutschsprachigen Raum.

Prof. Dr. Foljanty-Jost ist seit 2008 Mitglied des Stiftungsrats des Japanisch-Deutschen-Zentrums Berlin und im Deutsch-Japanischen Forum. Sie wurde 2008 zum Mitglied und 2012 zur Vorsitzenden des wissenschaftlichen Beirats des Deutschen Instituts für Japanforschung, Tokio in der Max-Weber-Stiftung gewählt.

Auf der regionalen Ebene hat Gesine Foljanty-Jost die Gründung der Deutsch-Japanischen Gesellschaft Halle-Saalkreis mitgetragen und als Mitglied des Vorstands mit aufgebaut. Die Gesellschaft ehrte sie 2010 mit der Ernennung zur Ehrenpräsidentin.

Zu ihren bedeutendsten wissenschaftlichen Publikationen zählen u. a. „Kommunale Umweltpolitik in Japan“ (1977), „Ökonomie und Ökologie in Japan“ (1995), „Kontrollieren, korrigieren, kommunizieren - Gewaltprävention an japanischen Mittelschulen“ (2003 mit Manuel Metzler, Anne Metzler und Annette Erbe) und jüngst „Der Bürger als Partner - Kooperative Demokratie in japanischen Kommunen“ (2013 mit Karoline Haufe und Mai Aoki).